Władzami Stowarzyszenia są:

1.  Walne Zebranie Członków
2. Zarząd
3. Komisja Rewizyjne

Kadencja władz Związku Miast Nadwiślańskich to jest Zarządu i Komisji Rewizyjnej trwa cztery lata i kończy się z dniem wybory nowych władz przez Walne Zebranie Członków zwołanym nie później niż w trzy miesiące od ogłoszenia wyników wyborów samorządowych.

W okresie od końca kadencji rady do wyboru nowych władz Związku, Zarząd realizuje jedynie zadania bieżące.